• Rozwój medycyny zindywidualizowanej. Badania związane z tą dziedziną prowadzone są w ramach konsorcjum naukowego wydziału i Instytutu Farmakologii PAN, które otrzymało status Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego (KNOW). Celem prac badawczych jest stworzenie terapii dostosowanej do potrzeb konkretnego pacjenta, uwzględniającej czynniki genetyczne, środowiskowe, a także styl życia. Głównym obszarem zainteresowania naukowców pracujących w ramach tego przedsięwzięcia są choroby cywilizacyjne, a więc nowotwory, choroby układu krążenia i układu nerwowego, trudne do leczenia i nierzadko, mimo postępu medycyny i technologii, zakończone brakiem lub tylko połowicznym sukcesem dla pacjenta.

• Nowe kierunki badań w różnych dziedzinach medycyny. Wytyczanie nowych strategii rozwoju medycyny odbywa się między innymi w ramach priorytetowej dla wydziału inicjatywy „Omicron", w której uczestniczy pięć jednostek Wydziału Lekarskiego: Katedra Chorób Metabolicznych, Katedra Farmakologii, Katedra Transplantologii, Katedra Chorób Wewnętrznych i Medycyny Wsi oraz III Katedra Chirurgii. Projekt umożliwia nowoczesne doposażenie sprzętem wysokiej klasy, a poprzez swoją innowacyjność w skali kraju i zarazem konkurencyjność w stosunku do ośrodków światowych wzmacnia pozycję Wydziału Lekarskiego i tym samym Uniwersytetu Jagiellońskiego w świecie. Oferuje on nowe możliwości współpracy w oparciu o status centrum doskonałości badawczej. Rozwojowi badań w zakresie onkologii sprzyja powstanie nowoczesnego ośrodka diagnostyki raka piersi w oparciu o konwencjonalną i cyfrową mammografię, badania ultrasonograficzne i systemy biopsyjne. Opracowano założenia organizacyjne do rejestracji ośrodka w europejskim systemie Breast Cancer Units.

W ramach wspólnej inicjatywy KNOW (Krajowy Naukowy Ośrodek Wiodący), Wydział Lekarski współpracuje z Instytutem Farmakologii PAN w Krakowie oraz współtworzy konsorcjum naukowe z Wydziałem Chemii UJ, realizujące studia doktoranckie Mol-Med.

Przy współpracy z ośrodkami naukowymi m.in. ze Stanów Zjednoczonych, Wielkiej Brytanii, Niemiec, Szwecji, Belgii i Hiszpanii prowadzone są badania na temat diagnostyki różnicowej poszczególnych form cukrzycy, oceny jakości życia starzejących się populacji oraz czynników warunkujących stan zdrowia i jakość życia osób w podeszłym wieku. Taka współpraca dotyczy również badań nad nowymi endokrynnymi peptydami i radiofarmaceutykami oraz genetycznymi podstawami nadciśnienia tętniczego i powikłań narządowych tej choroby.

Prof. Andrzej Szczudlik – jest kierownikiem Katedry Neurologii, wybitnym neurologiem specjalizującym się w badaniach udaru mózgu i chorób zwyrodnieniowych, autorem wielu publikacji w czasopismach krajowych i zagranicznych. Na uznanie zasługuje zaangażowanie prof. Szczudlika w rozwój kadry naukowej, co zaowocowało między innymi nowatorskimi badaniami nad genetyką udaru.

Prof. Ryszard Korbut – jest kierownikiem Katedry Farmakologii, naukowcem o uznanej renomie w kraju i za granicą, autorem ponad 300 publikacji oryginalnych i współredaktorem podręczników z farmakologii. Zajmuje się farmakologią leków krążeniowych, przeciwzakrzepowych i przeciwpłytkowych, jest współodkrywcą prostacykliny i inhibitorów syntazy tromboksanów.

Prof. Marek Sanak – jest kierownikiem Zakładu Biologii Molekularnej i Genetyki Klinicznej w II Katedrze Chorób Wewnętrznych i uznanym ekspertem w zakresie chorób wewnętrznych i diagnostyki klinicznej. Jego zasługą jest opracowanie nowych, nieinwazyjnych metod pomiaru kilkudziesięciu substancji.

Prof. Tomasz Brzozowski – sprawuje funkcję kierownika Katedry Fizjologii. Prof. Brzozowski specjalizuje się w badaniach bariery śluzówkowej przewodu pokarmowego w kontekście patogenezy wrzodów trawiennych i udziału różnych czynników w mechanizmie powstawania uszkodzeń i protekcji błony śluzowej żołądka i jelit. Jest autorem ponad 300 prac oryginalnych, współautorem podręczników z zakresu doświadczalnej i klinicznej fizjologii oraz gastroenterologii, naczelnym redaktorem czasopisma „Journal of Physiology and Pharmacology" i honorowym profesorem Uniwersytetu Kalifornijskiego w Irvine.

Prof. Maciej T. Małecki – kieruje zespołem Katedry i Kliniki Chorób Metabolicznych. Jego zainteresowania naukowe koncentrują się wokół problemów cukrzycy, szczególnie jej form monogenowych, oraz chorób metabolicznych. Współodkrywca jednego z genów odpowiedzialnych za formę cukrzycy MODY. Publikował w „Nature Genetics", „New England Journal of Medicine", „Diabetes Care" i innych uznanych periodykach naukowych; jego prace cytowano prawie 3500 razy.

Do najważniejszych osiągnięć naukowców z Wydziału Lekarskiego należy opracowanie małoinwazyjnej techniki przezskórnego dostępu do serca u pacjentów ze schorzeniami sercowo-naczyniowymi oraz opracowanie i wdrożenie (w ramach europejskiej sieci EuroNet-PHL-C1) pierwszego międzynarodowego programu leczenia u dzieci i młodzieży klasycznej postaci choroby nowotworowej znanej jako chłoniak Hodgkina.

Na wydziale prowadzone są badania, dzięki którym wykryto nowe metabolity angiotensyny, w tym angiotensynę-(1-7) o fizjologicznie i farmakologicznie udowodnionym działaniu rozszerzającym naczynia. Odkrycie to stanowi przełom w rozumieniu wielu schorzeń, w tym patogenezy i leczenia nadciśnienia tętniczego oraz miażdżycy.

W trakcie II Europejskiego Kongresu Gospodarczego (2010) Wydział Lekarski otrzymał Nagrodę Kryształowej Brukselki w kategorii najlepszych jednostek badawczych w Polsce.