Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ jest jedną z najlepszych w kraju placówek naukowo- badawczych i dydaktycznych w dziedzinie nauk biologicznych, która w ocenie parametrycznej uzyskała najwyższą z możliwych kategorii A+ (kategoria przyznana 3% najlepszych jednostek naukowych w Polsce). Wydział otrzymał również (wraz z Jagiellońskim Centrum Innowacji) status Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego (KNOW).

Najważniejsze kierunki badawcze:

• Biochemia i biologia molekularna. Genomika, proteomika i lipidomika: m.in. proteomika układu nerwowego i izolowanych frakcji komórek macierzystych oraz nowotworowych; bioinformatyka; inżynieria genetyczna i białkowa: m.in. terapia genowa i celowane modyfikacje komórek oraz produkcja zmodyfikowanych przeciwciał monoklonalnych; interaktomika, enzymologia i bioenergetyka molekularna: m.in. badanie oddziaływań i przepływu energii w układach biologicznych, obrazowanie krótkożyjących rodników oraz oddziaływań molekularnych typu białko-ligand; przesyłanie sygnału: w tym badania roli molekuł sygnałowych stanu zapalnego, oddziaływań komórek z białkami macierzy zewnątrzkomórkowej oraz roli mikropęcherzyków komórkowych; biologia komórki prawidłowej i nowotworowej.

• Biofizyka. Modelowanie molekularne; struktura i dynamika biocząsteczek i błon biologicznych; modelowanie procesów metabolicznych; rozwój metod opartych na różnych typach rezonansu magnetycznego i mikroskopii optycznej o wysokiej czułości/rozdzielczości.

• Mikrobiologia, wirusologia oraz immunologia. W tym badania mechanizmów patogenności obejmujące nowo zidentyfikowane enzymy bakteryjne oraz mechanizmów regulacji odpowiedzi immunologicznej; identyfikacja nowych szlaków oddziaływań komórek patogenów (w tym mikroorganizmów eukariotycznych) z komórkami gospodarza.

• Biotechnologia roślin i ochrona środowiska. Synteza i ewaluacja nowych fotosensybilizatorów do zastosowania w terapii, badania prowadzące do wzmocnienia wydajności fotosyntetycznej roślin, w tym ruchów organelli komórki roślinnej i cyklu ksantynowego, oraz opracowanie metod degradacji toksyn w procesie oczyszczania wód.

Łącznie w ostatnich latach (2009–2013) wydział otrzymał 159 grantów z różnych instytucji o łącznej wartości ponad 125 mln PLN. Obejmują one granty badawcze i infrastrukturalne, których kierownikami są zarówno doświadczeni, jak i młodzi badacze, na przykład:

• „Inhibitory proteinaz serynowych jako czynniki regulujące funkcje komórek dendrycznych", kierownik: prof. Joanna Cichy,
• „Nowa terapia przeciwnowotworowa oparta na modyfikowanym genetycznie szczepie bakterii Salmonella", kierownik: prof. Joanna Bereta,
• „Biotechnologia molekularna dla zdrowia", kierownik: prof. Józef Dulak,
• „Konsekwencje zaburzonego transferu elektronu indukowanego przez asymetryczny cytochrom bc1 w chorobach mitochondrialnych i procesie starzenia", kierownik: prof. Artur Osyczka,
• „Protective role of heme-oxygenase-1 in endothelial cells – construction of helper-dependent adenoviral vectors for a long-term heme oxygenase expression", kierownik: prof. Alicja Józkowicz,
• „Terapia przeciwnowotworowa przyszłości – poszukiwanie niskocząsteczkowych aktywatorów szlaku białka p53", kierownik: dr Grzegorz Dubin.

Wydział prowadzi owocną współpracę naukową z ponad 80 polskimi i zagranicznymi ośrodkami akademickimi. W ramach tej współpracy realizowane są wspólne badania, odbywa się wymiana studentów i kadry akademickiej, a także uruchomione zostały wielostronne programy nauczania kończące się podwójnym dyplomem. Dwa ośrodki, z którymi współpraca jest najdłuższa, to Uniwersytet w Lund (Szwecja) i Medical College of Wisconsin (USA). Wydział jest często współorganizatorem międzynarodowych konferencji naukowych (np. „International Workshop on EPR in Biology and Medicine").

Prof. Jan Potempa – bada czynniki wirulencji gronkowca złocistego (Staphylococcus aureus) oraz bakterie odpowiedzialne za rozwój chorób przyzębia. Jego pionierskie prace ustanowiły nowy paradygmat w pojmowaniu patogenezy chorób wywołanych przez bakterie, których wirulencja zależy od aktywności proteolitycznej. Kieruje licznymi projektami, m.in. „Unikatowy system sekrecji białek bakterii odpowiedzialnych za parodontozę", „Cytrulinacja białek jako przyczyna powiązania parodontozy i reumatoidalnego zapalenia stawów (RZS) oraz cel opracowania nowych leków na RZS". Jest doktorem honoris causa Uniwersytetu w Lund i laureatem nagrody głównej Fundacji na rzecz Nauki Polskiej, nazywanej Polskim Noblem.

Dr hab. Ewa Zuba-Surma – racuje nad biologią komórek macierzystych i ich zastosowaniem w medycynie regeneracyjnej, w szczególności w kardiologii. Jej najważniejsze projekty to: „Badania efektywności mikrofragmentów z komórek macierzystych modyfikowanych genetycznie, jako nośników miRNA o działaniu proangiogennym i kardiomiogennym" oraz „Bioaktywne mikrofragmenty z komórek macierzystych jako nowe narzędzie w regeneracji tkanek". Do jej sukcesów należą: nagroda International Society for Advancement of Cytometry, stypendium L'Oréal Polska dla Kobiet Nauki, nagroda Prezesa Rady Ministrów RP za habilitację.

Dr hab. Krzysztof Pyrć – zajmuje się mechanizmami zakażenia ludzkimi koronawirusami i ich patogenezą, opracowaniem nowych leków przeciwwirusowych i narzędzi diagnostycznych w wirusologii. Jego najważniejsze projekty to: „Internalizacja ludzkich koronawirusów do komórek gospodarza" i „Mechanizm zakażenia ludzkimi koronawirusami NL63 i HKU1". Dr Pyrć został wyróżniony m.in. stypendium MNiSW dla wybitnych młodych naukowców, stypendium magazynu „Polityka" i nagrodą za najlepszą pracę doktorską w Holandii w latach 2005–2007.

Na wydziale powstaje rocznie ponad 100 publikacji z listy filadelfijskiej. Jedną z nich, wartą szczególnego odnotowania, jest opublikowany w „Science" artykuł opisujący odkrycie dokonane przez zespół prof. Artura Osyczki, dotyczące molekularnych mechanizmów działania trzeciego kompleksu łańcucha oddechowego.

Realizowany na wydziale projekt „Terapia przeciwnowotworowa oparta na modyfikowanym szczepie Salmonella" otrzymał nagrodę Polski Produkt Przyszłości (kategoria „Technologia w fazie przedwdrożeniowej"), zaś wśród innowacji wdrożonych w praktyce klinicznej należy wymienić aplikację hodowanych in vitro komórek skóry w leczeniu trudno gojących się ran. Pracujący na wydziale prof. Jan Potempa i prof. Józef Dulak za swe badania naukowe otrzymali doktoraty honoris causa, a prof. Potempa został także laureatem nagrody Fundacji na rzecz Nauki Polskiej.

Do sukcesów wydziału zaliczyć trzeba również liczne działania upowszechniające wiedzę, m.in. coroczny cykl wykładów popularnonaukowych „Spotkania w samo południe z biochemią, biofizyką i biotechnologią" oraz warsztaty „Lifescience dla licealistów".