• Sztuka sakralna. Inwentaryzacja sztuki sakralnej na ziemiach wschodnich Rzeczypospolitej prowadzona od roku 1992. Badania te zaowocowały ponad 20 tomami monograficznych opracowań w ramach serii wydawniczej „Materiały do dziejów sztuki sakralnej na dawnych ziemiach wschodnich. Kościoły i klasztory rzymskokatolickie dawnego województwa ruskiego" pod red. prof. Jana Ostrowskiego. Ważnym projektem jest także przygotowanie korpusu witraży XIX i XX wieku w kościołach rzymskokatolickich metropolii krakowskiej i przemyskiej.

• Badania archeologiczne. Jednym z ważniejszych sukcesów wydziału jest odkrycie królewskiego grobowca Majów wraz z kaplicą grobową i depozytami ofiarnymi (Nakum, Gwatemala). Na depozyty składało się między innymi unikatowe znalezisko: dziewięć glinianych głów przedstawiających bóstwa Majów. Odkrycia w Gwatemali zostały zaliczone przez amerykański tygodnik „Time" do 100 największych osiągnięć naukowych współczesnego świata (notabene jako jedyne osiągnięcie dokonane przez polskich naukowców).

  Archeolodzy z Wydziału Historycznego prowadzą ponadto badania w delcie Nilu, w Tell el-Farcha, gdzie zespół pod kierunkiem prof. Krzysztofa Ciałowicza odkrył budowlę o charakterze rezydencjalno-świątynno- grobowym. W warstwach starszych odnaleziono browar, będący drugim najstarszym tego typu w Egipcie. Innym terenem badanym przez archeologów z UJ jest Nea Pafos na Cyprze. Zespół kierowany przez prof. Ewdoksję Papuci-Władykę odkrył rzymską agorę miasta Nea Pafos i relikty z okresu hellenistycznego. Zabytki z Pafos zostały w 2011 roku wpisane na Listę światowego dziedzictwa kulturalnego i przyrodniczego UNESCO.

• Poszukiwanie poloników w bibliotekach zagranicznych. Wspaniałym efektem tych poszukiwań było odkrycie w 2011 roku przez dr. Henryka Głębockiego zaginionego rękopisu Dziennika podróży na Wschód Juliusza Słowackiego. Rękopis znajdował się w Rosyjskiej Bibliotece Państwowej. Znalezisko to zawiera 74 kartki zapisków z podróży między innymi do Egiptu i Ziemi Świętej, szkiców i idei przyszłych utworów, drobiazgowe rachunki poety i wiele pięknych rysunków. Dotychczas uważano, że notatnik Słowackiego spłonął podczas II wojny światowej. Wśród innych odkryć bibliotecznych i archiwalnych trzeba wymienić odnalezienie przez dr. Marcina Starzyńskiego w Archiwum Narodowym w Krakowie rękopisu z X wieku. Prowadzone są także badania poloników w Archiwum Watykańskim (Monumenta Poloniae Vaticana).

• Badania nad antykiem. Pośród wielu wartościowych monografii na plan pierwszy wybija się, przełożona na kilkanaście języków, książka prof. Marii Dzielskiej o Hypatii z Aleksandrii. Prof. Dzielska jest najczęściej tłumaczonym na języki obce polskim historykiem. Jej monografia o Hypatii posłużyła też za kanwę filmu (dramatu historycznego) produkcji hiszpańskiej Agora, w reżyserii Alejandra Amenabára.

Spośród kilkudziesięciu międzynarodowych przedsięwzięć naukowych, w których biorą udział naukowcy z Wydziału Historycznego UJ, warto wspomnieć współpracę w zakresie projektów Union Academique Internationale – m.in. udział w projekcie „Corpus Antiquitatum Americansium" oraz w projekcie „Carte de Monde Inca", w ramach których ma miejsce publikacja wyników badań archeologicznych na stanowiskach w Andach Peruwiańskich oraz w Argentynie.

Dzięki współpracy z Fundacją Fulbrighta (USA) oraz Anthropos Institute z Sankt Augustin (Niemcy) w Instytucie Etnologii i Antropologii Kulturowej goszczą stale antropolodzy z USA, Wielkiej Brytanii, Niemiec, Danii i innych krajów. W zakresie współpracy krajowej warto odnotować stałe współdziałanie z Niemieckim Instytutem Historycznym w Warszawie, Fundacją Shalom czy Państwowym Muzeum Auschwitz-Birkenau.

Prof. Jan Ostrowski – pracuje w Instytucie Historii Sztuki, od 1989 roku jest dyrektorem Zamku Królewskiego na Wawelu. Jego największym osiągnięciem naukowym jest stworzenie programu inwentaryzacji zabytków na kresach wschodnich dawnej Rzeczypospolitej, którego efektem jest 21 monumentalnych tomów monografii kościołów z obszaru obecnej Ukrainy. Program ten doprowadził do stworzenia szkoły badawczej i ukształtowania nowego pokolenia historyków sztuki.

Prof. Jan Chochorowski – jest specjalistą w zakresie epoki brązu i wczesnej epoki żelaza w Europie i na stepach euroazjatyckich. Światowy rozgłos przyniosły mu badania scytyjskiego kurhanu w Ryżanówce, rejon Zwinogródka, którymi kierował wraz z archeologami ukraińskimi. Zajmował się też nowożytną archeologią Spitsbergenu. W latach 1996–2008 był dyrektorem Instytutu Archeologii UJ. Jest autorem ponad 230 publikacji, w tym trzech książek.

Prof. Edward Dąbrowa – należy do grupy najwybitniejszych badaczy dziejów starożytnego Bliskiego Wschodu w okresie od IV w. p.n.e. do IV w. n.e. Jest autorem ośmiu monografii oraz blisko 200 artykułów. Jest obecnie prezydentem European Association for Jewish Studies oraz członkiem komitetów naukowych międzynarodowych czasopism wydawanych we Włoszech: „Parthica" oraz „Diádema". Założył i redaguje czasopismo o międzynarodowym zasięgu „Electrum. Journal of Ancient History" oraz „Scripta Judaica Cracoviensia".

Prof. Halina Florkowska-Frančić – na Uniwersytecie Jagiellońskim związana była kolejno z instytutami: Historii, Badań Polonijnych oraz Etnologii i Antropologii Kulturowej, gdzie wykłada historię etniczną Europy. Jej mistrzowskie prace badawcze tworzone są poprzez pozyskiwanie nowych źródeł, precyzyjnie i nowatorsko interpretowanych, jak miało to miejsce w studium o korespondentach Józefa Kraszewskiego, w którym skonstruowała portret zbiorowy Polonii amerykańskiej. Jej kluczowymi polami badawczymi są sprawa polska, Polonia i Szwajcaria. Publikuje po polsku, niemiecku, francusku i angielsku. W 2013 roku została członkiem honorowym Polskiego Towarzystwa Historycznego.

Pracownicy Instytutu Historii Sztuki przygotowali dwie największe wystawy sztuki polskiej za granicą: „The Power of Fantasy. Modern and contemporary art from Poland" w Palais des Beaux-Arts (BOZAR) w Brukseli (2011) oraz „Symbolism in Poland and Britain" w Tate Britain w Londynie (2009).

Istotnym wydarzeniem w świecie naukowym było też wydanie tomu studiów poświęconego historii Żydów krakowskich (Jews in Kraków, red. M. Galas, A. Polonsky, Londyn 2011). Stanowi on pierwszą tak obszerną prezentację w języku angielskim studiów polskich badaczy dotyczących różnych aspektów historii Żydów krakowskich. Jego publikacja jest znakomitą promocją polskich osiągnięć naukowych.

Zakres badań działającej w ramach Instytutu Archeologii Pracowni Archeometalurgii i Konserwacji Zabytków obejmuje nie tylko zabytki pradziejowe, ale także tej rangi obiekty, jak np. Szczerbiec, dzwon Zygmunta czy też średniowieczne bulle papieskie. Najnowszej generacji aparatura (np. komora plazmowa) zapewnia prowadzenie bezpiecznych dla zabytków analiz służących między innymi do identyfikacji ośrodków produkcji badanych przedmiotów, także tych pochodzących z terenów Cesarstwa Rzymskiego.

Wśród działań popularyzujących wiedzę historyczną warto wskazać na aktywność środowiska muzykologów, np. projekt „Szanujmy Wspomnienia" (we współpracy z Biblioteką Jagiellońską i Biblioteką Polskiej Piosenki).