• Badanie strategii życiowych organizmów w różnych warunkach środowiskowych. Badania prowadzone w tym zakresie dotyczą m.in. wysokiej wydolności tlenowej nornic rudych poddanych selekcji, fitoremediacji i strategii życiowych u owadów socjalnych. Koncentrują się one również na zagadnieniach związanych z odpowiedzią organizmów na stres chemiczny i fizyczny oraz na roli bodźców węchowych i dźwiękowych w komunikacji wewnątrz- i międzygatunkowej.

• Bioróżnorodność genetyczna i biochemiczna. Przedmiotem naukowych analiz w ramach tej tematyki jest zmienność różnych gatunków na poziomie osobnika i populacji, wpływ wysokich stężeń metali ciężkich w glebie na powstawanie nowych genotypów (ekotypów) roślin i mieszańców międzygatunkowych.

• Funkcjonowanie ekosystemów. Warto wymienić tu badania wpływu czynników naturalnych i antropogenicznych na procesy dekompozycji i bilans węgla w przyrodzie, chemiczną analizę zespołów bezkręgowców lądowych oraz interakcje w sieciach troficznych ekosystemów wodnych.

• Biologia komórki, rozwoju i rozrodu. Badacze z wydziału biorą udział w największym na świecie programie charakterystyki komórek czerniaka złośliwego. Skupiają się również na badaniu genetycznych przyczyn ludzkich chorób dziedzicznych i zaburzeń płodności oraz hormonalnych mechanizmach regulacji rozwoju i funkcjonowania żeńskiego i męskiego układu rozrodczego.

• Neurobiologia i immunobiologia. Istotnymi badaniami w tym zakresie są analizy mechanizmu działania zegara biologicznego oraz dobowej regulacji różnych procesów organizmu, a także struktury i funkcji mózgu w celu poznania mechanizmów regulacji odporności oraz przyczyn chorób układu nerwowego m.in. napadów epileptycznych.

• Geografia człowieka. W ramach tej specjalności możemy wyróżnić badania zmieniających się czynników i barier rozwoju lokalnego i regionalnego, w tym wpływu cech społecznych i gospodarczych miast oraz regionów na zakorzenienie i trwałość działalności wielkich korporacji, a także na zdolność do restrukturyzacji i dostarczania bardziej zaawansowanych produktów i usług, przepływ wiedzy, przedsiębiorczość lokalną oraz odporność na kryzys.

• Geografia fizyczna. Badacze z wydziału analizują funkcjonowanie i przemiany środowiska abiotycznego, ze szczególnym uwzględnieniem gór i wyżyn Polski.

• Analiza paleośrodowiska i geochemia. Badania prowadzone w tym zakresie dotyczą m.in. rekonstrukcji zmian paleośrodowiskowych na podstawie zapisu kopalnego mikroorganizmów (otwornice, nannoskamieniałości), skamieniałości śladowych (ichnoskamieniałości), osadów martwic wapiennych oraz sygnatur biogeochemicznych (pierwiastki ziem rzadkich, biomarkery).

• Tektonika i sedymentologia. Przedmiotem naukowych analiz w ramach tej tematyki jest budowa geologiczna oraz rozwój paleobiogeograficzny i sedymentacja osadów Karpat i ich przedpola.

Efektem współpracy krajowej i międzynarodowej są projekty badawcze, studia doktoranckie, odkrycia naukowe oraz liczne publikacje w prestiżowych czasopismach. Na przykład, we współpracy z Zakładem Neurologii Szpitala Uniwersyteckiego w Oslo (Norwegia) badane są możliwości zastosowania leków antyepileptycznych we wspomaganiu chemioterapii.

Badacze z wydziału przekazują również dane do międzynarodowego wydawnictwa „Atlas Florae Europaeae", przedstawiającego rozmieszczenie roślin w Europie (16 wydanych tomów), oraz do światowej sieci danych GBIF (Global Biodiversity Infarmation Facility). Wnieśli oni także ważny wkład w stworzenie międzynarodowej sieci naukowej Science for the Carpathians (S4C), która propaguje interdyscyplinarne badania w Karpatach.

Prof. Szczepan Biliński – jest wybitnym polskim embriologiem. Jego najważniejszymi osiągnięciami naukowymi są prace z zakresu biologii rozwoju i biologii komórki. Jest członkiem PAN i dyrektorem Wydziału Przyrodniczego PAU.

Prof. Zbigniew Dzwonko – jest ekologiem, który prowadzi badania nad zróżnicowaniem i dynamiką zbiorowisk roślinnych środkowej i południowej Europy. Zajmuje się także czynnikami i procesami decydującymi o różnorodności biotycznej we współczesnym krajobrazie. Jest aktywnym członkiem międzynarodowych i polskich towarzystw naukowych.

Prof. Jan Kozłowski – jest wybitnym badaczem strategii życiowych organizmów. Stosuje metodę modelowania matematycznego i empirycznego weryfikowania modeli. Aktualnie bada wpływ temperatury i dostępności tlenu na rozmiary ciała, wielkość komórek i tempo metabolizmu zwierząt zmiennocieplnych. Jest przewodniczącym Komitetu Biologii Ewolucyjnej i Teoretycznej PAN oraz członkiem korespondentem PAU.

Prof. Alfred Uchman – jest geologiem. Jego zainteresowania badawcze to ichnologia bezkręgowców, stratygrafia i sedymentologia. Prof. Uchman jest prezydentem International Ichnological Association oraz przedstawicielem narodowym Carpathian-Balkan Geological Association i redaktorem naczelnym Annales Societatis Geologorum Poloniae, a także członkiem Komitetu Nauk Geologicznych PAN oraz członkiem korespondentem PAU.

Prof. Zbigniew Ustrnul – zajmuje się klimatologią. Jest stypendystą Fundacji Fulbrighta. Za pomocą najnowszych metod i przy współpracy z Instytutem Meteorologii i Gospodarki Wodnej – Państwowym Instytutem Badawczym (IMGW-PIB) bada zmiany i zmienność klimatu, ekstrema pogodowe, cyrkulację atmosferyczną. Reprezentował Polskę w dwóch paneuropejskich projektach UE.

Jednymi z najistotniejszych osiągnięć badaczy z wydziału są: odkrycie nowych dla nauki gatunków z różnych części świata, wyjaśnienie funkcji jąder dodatkowych w czasie rozwoju zarodkowego i odkrycie zjawiska dobowych zmian morfologii komórek nerwowych i połączeń pomiędzy nimi.

Do ich sukcesów zaliczyć można także: wykazanie, że układy nerwowy i hormonalny regulują przebieg reakcji zapalnej kręgowców, rekonstrukcję warunków paleoklimatycznych późnego glacjału i holocenu, ustalenie prawidłowości współczesnych, naturalnych i antropogenicznych, przemian środowiska przyrodniczego i krajobrazu.

Pracownicy wydziału uzyskali patent na technologię ograniczania rozwoju bakterii nitkowatych w osadzie czynnym i zastosowanie wrotków w zapobieganiu jego puchnięciu (technologia ta może zostać użyta w oczyszczaniu ścieków).

Do osiągnięć wydziału związanych z popularyzacją wiedzy warto zaliczyć m.in. działalność Ogrodu Botanicznego, który co roku odwiedza 70 tys. osób.