Pomimo zaledwie kilkumiesięcznej działalności MCB rozpoczęło realizację kilku kluczowych projektów badawczych:

• Światło – rytm okołodobowy – degeneracja siatkówki. Projekt kierowany przez prof. Tadeusza Sarnę, realizowany w Ośrodku Neurobiologii MCB, koncentruje się na badaniach wpływu krótkich fal światła widzialnego na rytmikę okołodobową i neuronalne aspekty funkcjonowania poznawczego i emocjonalnego u ludzi oraz wpływie światła na degenerację i patologie siatkówki. Oryginalność i innowacyjność projektu polega na holistycznym podejściu do badania potencjału melanopsyny (barwnika światłoczułego) w układach komórkowych i modelowych oraz różnych strategii umożliwiających ochronę siatkówki przed niepożądaną fototoksycznością. Oczekiwane wyniki badań powinny doprowadzić do lepszego poznania oraz zrozumienia układu melanopsyny w fizjologii, psychologii i patologii.

• Badania nabłonka. Część zadań związanych z krystalizacją białek oraz określeniem ich struktury trzeciorzędowej realizowana jest w Pracowni Rentgenograficznej Ośrodka Biologii Strukturalnej MCB. Interaktywna, ścisła współpraca naukowców z dwóch różnych dyscyplin naukowych umożliwi opracowanie sond molekularnych, które pozwolą na analizę aktywności proteaz w hodowlach komórkowych in vitro oraz w układach in vivo. Projekt, choć oparty na badaniach podstawowych, stworzy podstawy do aplikacyjnych badań nad zaburzeniami funkcji nabłonka, a ponadto może wpłynąć na rozwój przyszłych strategii antynowotworowych. Projekt kierowany jest przez prof. Jana Potempę.

• Potencjalne leki przeciwnowotworowe. Badania realizowane w konsorcjum z firmą Selvita S.A. Ze strony UJ są one realizowane przez zespół prof. Józefa Dulaka, a niektóre z zadań projektu są prowadzone w laboratoriach Małopolskiego Centrum Biotechnologii. Celem projektu jest opracowanie i badanie nowych inhibitorów oksygenazy hemowej-1 (HO-1) z zamiarem ich zastosowania w terapii przeciwnowotworowej.

• Leczenie przewlekłej obturacyjnej choroby płuc. Projekt realizowany w Pracowni Rentgenograficznej Ośrodka Biologii Strukturalnej MCB przez dr. Stanisława Malickiego. Badania finansowane przez przemysł – firmę biotechnologiczną.

Pracownicy naukowi związani z Małopolskim Centrum Biotechnologii współpracują z różnymi ośrodkami naukowymi w kraju i na świecie. Małopolskie Centrum Biotechnologii podpisało umowy o współpracy z: Max Planck Gesellschaft w Niemczech (w MCB tworzony jest zespół badawczy firmowany przez MPG), Centre National de la Recherche Scientifique we Francji (umowa pozwala na finansowanie prac badawczych jednego z laboratoriów MCB), Kyoto University w Japonii oraz National Institute of Agrobiological Sciences (NIAS) Tsukuba w Japonii. Trwają negocjacje w sprawie podpisania umowy o współpracy z Oxford University.

Prof. Kazimierz Strzałka – kierownik Małopolskiego Centrum Biotechnologii i Przewodniczący Rady MCB w fazie organizacji tego ośrodka. Pomysłodawca projektu Małopolskie Centrum Biotechnologii. Pracuje na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ. Zainteresowania naukowe prof. Strzałki skupiają się wokół zagadnień związanych z biochemią, biofizyką i biologią molekularną procesu fotosyntezy. Jego osiągnięcia naukowe dotyczą m.in. procesu transportu białek do plastydów. Wykazał on, że poszczególne typy plastydów różnią się między sobą zdolnością do transportu różnych białek chloroplastowych. Prof. Strzałka po raz pierwszy opisał istnienie nowej rodziny enzymów, których aktywność uzależniona jest od obecności lipidów tworzących odwróconą fazę heksagonalną.

Z projektem MCB związanych jest wielu naukowców wywodzących się z różnych wydziałów Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Prof. Adam Dubin – jedna z osób najbardziej zaangażowanych w tworzenie Centrum, zastępca Przewodniczącego Rady MCB w fazie organizacji, profesor biochemii, kierownik Zakładu Biochemii Analitycznej Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ. Jest specjalistą z zakresu enzymologii i chemii białek. Jego główne zainteresowania naukowe dotyczą relacji pomiędzy strukturą i funkcją enzymów oraz inhibitorów (głównie pochodzenia bakteryjnego), a także zastosowania peptydów antybakteryjnych jako potencjalnych antybiotyków o szerokim spektrum działania. Do znaczących osiągnięć grupy kierowanej przez prof. Dubina należy zaliczyć charakterystykę rodzin stafostatyn i hemocydyn. Jest on również założycielem firmy biotechnologicznej BioCentrum, członkiem rady naukowej firmy Selvita (od 2008) oraz członkiem rad nadzorczych firm biotechnologicznych: Mabion (2010–2011) i Selvita (od 2011).

Prof. Zbigniew Miszalski – pierwszy pracownik naukowy z tytułem profesora zatrudniony w Małopolskim Centrum Biotechnologii. Jego zainteresowania naukowe skupiają się wokół badań oddziaływania SO₂, metali ciężkich, ozonu i stresu solnego na przebieg procesu fotosyntezy na poziomie organizmu, organelli komórkowych i na poziomie molekularnym. Do wybitnych osiągnięć prof. Miszalskiego należą: potwierdzenie wpływu zanieczyszczeń środowiskowych na sprawność systemu antyoksydacyjnego u roślin uprawnych i grzybów mikoryzowych oraz wykazanie ścisłego związku pomiędzy typem metabolizmu fotosyntetycznego a odpornością na patogeny. Obecnie prowadzone przez niego prace badawcze zmierzają do wyjaśnienia powiązań metabolicznych w czasie transformacji C₃-CAM oraz wykazania znaczenia tych zmian dla roślin typu C₃. Podkreślić należy praktyczny aspekt tych badań, mają one bowiem zastosowanie w analizie zmian fizjologicznych obserwowanych u roślin uprawnych.

Badania prowadzone w MCB, które otwarte zostało w maju 2014 roku, są coraz bardziej intensywne. O ich efektach będzie można mówić już w 2015 roku i w następnych latach.